Janvier
30/01 Le Président Habibie décide par surprise un référendum sur l'indépendance au Timor-Oriental.
Avril
06/04 Dans le cadre d'une campagne d'intimidation et de terreur menée par des milices pro-indonésiennes à l'approche d'une éventuelle indépendance du Timor oriental, se produit le massacre de l'église de Liquiçá.
Mai
05/05 L'Indonésie et le Portugal signent un accord sur le référendum au Timor-Oriental.
Octobre
18/10 L'Indonésie abroge le décret de 1978 annexant la province orientale du Timor.