Les lamas Sakyapa perdent le pouvoir au profit des Phagmodrupa, une branche des Kagyüpa, dont le représentant le plus prestigieux est Changchub Gyeltshen. Celui-ci rompt tout lien avec la dynastie mongole des Yuan, puis celle chinoise des Ming. Il accroît l’indépendance du Tibet et instaure le système administratif des dzong, « forteresses-district ».