Mars
16/03 Arrivée en vue de Samar, première île d'un ensemble que Magellan baptise «archipel de Saint-Lazare» (Philippines).
17/03 La flotte de Magellan débarque sur l'île d'Homonhon (appelée île «de !'Aiguade» ou «des Bons Signes»), où les indigènes de Suluan apportent des vivres.
25/03 La flotte de Magellan embarque de l'île d'Homonhon (appelée île «de !'Aiguade» ou «des Bons Signes»).
28/03 L'expédition Magellan arrive à l'île de Limasawa, où la flotte séjourne une semaine.
31/03 Ferdinand Magellan et cinquante de ses hommes débarquent dans l'actuelle Limasawa pour participer à la première messe catholique aux Philippines.
Avril
04/04 L'expédition Magellan quitte l'île de Limasawa.
07/04 Ferdinand Magellan arrive à Cebu.
14/04 Le navigateur ibère Magellan convertit au catholicisme le roi de Cebu, le baptise ainsi que sa famille et 800 habitants.
27/04 Défaite des troupes de Fernand de Magellan contre les autochtones tagalogs (futurs Philippins), à la bataille de Mactan. Magellan y perd la vie.
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Le navigateur ibère Ferdinand de Magellan et 6 hommes de sa flotte sont tués dans une embuscade sur l'île de Mactan.
Mai
01/05 Massacre de Cebu, 26 morts et disparus.
21/05 Arrivée de la Vicloria et de la Trinidad sur la côte de Palawan, le capitaine portugais Antonio de Brito rapporte qu'ils y avaient passé un mois. La relâche a eu lieu dans le port de Tagusao, où les équipages ont chargé environ 10 tonnes de riz.
Septembre
27/09 Capture d'une jonque et du gouverneur de Palawan, près de l'île de Balabac.
Octobre
02/10 Les prisonniers sont libérés en échange de vivres.
15/10 Assaut d'une jonque sur la côte de Mindanao. Les marins tuent 20 mores et se saisissent de 30 autres, qui seront gardés jusqu'aux Moluques. Un pilote more les conduit à Sarangani.
26/10 Expédition Magellan : Les navires doublent le cap sud de Mindanao.
Novembre
04/11 La flotte de Magellan se saisit de deux pilotes à Sarangani, lesquels s'enfuiront à Sangir. Sur cette île, un pilote accepte cependant de les guider jusqu'aux Moluques.
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Juan Battista meurt des suites de ses blessures provoquées par l'explosion d'un baril de poudre.