Juin
07/06 Le convoi du Général Desaix arrive devant Malte, en avance sur la flotte principale de Bonaparte.
09/06 Le grand maître de l'Ordre de Malte Hompesch refuse de laisser les navires français se ravitailler en eau, arguant que ce serait une rupture de neutralité.
10/06 Les troupes françaises débarquent sur Malte en 15 points.
11/06 Napoléon Bonaparte, sur la route de la campagne d'Égypte, s'empare de Malte.
12/06 Bonaparte chasse les chevaliers de Malte.
13/06 Le grand maître de l'Ordre de Malte Hompesch remet les clés de la forteresse à Bonaparte.
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Bonaparte rédige, dans la grande salle d'honneur de l'Ordre de Malte, une nouvelle constitution qui réforme l'administration de l'île.
Septembre
02/09 Les habitants de Malte se révoltent contre les occupants français qui sont assiégés dans la forteresse de la Valette.