Janvier
07/01 Plus de 100 personnes sont tuées lors de fortes pluies et de glissements de terrain en Indonésie.
30/01 Le Président Habibie décide par surprise un référendum sur l'indépendance au Timor-Oriental.
Avril
06/04 Dans le cadre d'une campagne d'intimidation et de terreur menée par des milices pro-indonésiennes à l'approche d'une éventuelle indépendance du Timor oriental, se produit le massacre de l'église de Liquiçá.
Mai
05/05 L'Indonésie et le Portugal signent un accord sur le référendum au Timor-Oriental.
Octobre
12/10 La justice classe sans suite les accusations de corruption visant Suharto, pour absence de preuves.
14/10 Les forces de l'ordre et les manifestants s'affrontent devant le Parlement.
18/10 L'Indonésie abroge le décret de 1978 annexant la province orientale du Timor.
Novembre
04/11 Le Président Wahid affirme "envisager" le principe d'un référendum sur l'indépendance de la province d'Atjeh.