Janvier
01/01 Le Protestant D'Aubigné s'empare de Maillezais, dont il devient gouverneur.
05/01 Catherine de Médicis meurt d'une pleurésie au château de Blois.
06/01 Ricci s'installe à Nankin et établit une 4è maison jésuite.
07/01 La faculté de théologie de Paris délie les sujets de leur serment d'obéissance au roi Henri III.
17/01 L'Église russe est reconnue comme autocéphale. Job, élu métropolite de Moscou, est élevé au rang de patriarche par Jérémie II, patriarche de Constantinople, sous la pression du tsar Fiodor Ier.
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Les Etats Généraux s'achèvent à Blois.
Février
09/02 Rouen se déclare pour la Ligue.
15/02 Le duc de Mayenne entre à Paris et est proclamé lieutenant-général du royaume par la Ligue catholique.
Mars
04/03 Le roi Henri de Navarre, gîtant à Châtellerault, lance un "appel à la raison".
05/03 Fitch est le 1er Anglais à débarquer à Colombo.
09/03 Signature du traité de Bytom et Będzin. Maximilien III d'Autriche renonce à ses droits sur la couronne de Pologne.
13/03 Le duc de Mayenne prête serment de lieutenant général de l'Etat royal et couronne de France.
Avril
15/04 Martin Ruzé de Beaulieu installe Philippe Duplessis-Mornay dans la charge de gouverneur de Saumur au nom de Henri III.
16/04 Henri de Navarre franchit la Loire et entre à Saumur.
30/04 Henri III et Henri de Navarre se rapprochent à Plessis-lez-Tours.
Mai
04/05 Le corsaire anglais Francis Drake commence son attaque contre La Corogne, commandant l'Invincible Anglais ou Counterarmada, la gigantesque armada - plus grande que l'Invincible - que la reine Elizabeth d'Angleterre envoie en Espagne après l'échec de Philippe II à envahir l'Angleterre. Ce qui se terminerait par un désastre pour les Britanniques ; "Sur les 27 667 hommes qui composaient la flotte anglaise de 180 navires, seuls 3 722 revinrent réclamer leur solde".
05/05 Le duc de Mercœur soulève la Bretagne pour la Ligue.
08/05 A Tours, les armées française et navarraise contraignent les troupes du duc de Mayenne à battre en retraite.
26/05 Le pape Sixte Quint lance un monitoire d'excommunication contre le roi de France Henri III.
Juillet
03/07 Henri III et Henri de Navarre s'emparent d'Etampes.
26/07 Henri III et Henri de Navarre s'emparent de Pontoise.
Août
01/08 Assassinat d'Henri III.
02/08 Henri de Navarre devient Henri IV (
→ 1610) - Les ligueurs ne reconnaissent que son oncle, Charles de Bourbon sous le nom de « Charles X ».
06/08 Le siège de Paris, occupé par la Ligue catholique des Guise, est levé ; le nouveau roi de France Henri IV se porte plutôt sur Dieppe, qui l'accueille. Rouen résiste.
Septembre
Galilée obtient la chaire de mathématiques à l'université de Pise.
06/09 Louise de Lorraine demande justice à Henri IV.
11/09 Le Parlement de Bretagne fait sa soumission au roi Henri IV.
15/09 Le duc de Mayenne tente de reprendre Arques et Dieppe au nouveau roi de France victorieux Henri IV.
21/09 Henri IV remporte la victoire d'Arques sur les troupes de Mayenne.
25/09 Echec du duc de Mayenne à Arques, après dix jours de siège ; il ne peut reprendre Dieppe au nouveau roi de France Henri IV.
Octobre
31/10 Échec d’Henri IV devant Paris.
Novembre
12/11 Galilée prononce son discours académique inaugural à l'université de Pise.
14/11 Galilée donne sa 1ère leçon de mathématique à l'Université de Pise.
20/11 Henri IV confirme Henri de Montmorency comme Gouverneur et Lieutenant-général dans le Languedoc.
21/11 Le roi Henri IV fait son entrée solennelle à Tours.
30/11 Le roi Henri [IV] appelle Montaigne à son service.
Décembre
23/12 Barros bat complètement, au Sergipe, les Indiens de Mbapeva qui encerclaient la division d'Álvaro Rodrigues.