Janvier
24/01 Magellan découvre l'atoll de Puka Puka [Polynésie française].
Février
13/02 L'expédition Magellan passe l'équateur.
Mars
06/03 La flotte de Magellan parvient en vue de Guam aux Mariannes (nommées «îles des Larrons») où elle peut se ravitailler partiellement.
09/03 La flotte de Magellan quitte Guam aux Mariannes.
16/03 Arrivée en vue de Samar, première île d'un ensemble que Magellan baptise «archipel de Saint-Lazare» (Philippines).
17/03 La flotte de Magellan débarque sur l'île d'Homonhon (appelée île «de !'Aiguade» ou «des Bons Signes»), où les indigènes de Suluan apportent des vivres.
25/03 La flotte de Magellan embarque de l'île d'Homonhon (appelée île «de !'Aiguade» ou «des Bons Signes»).
28/03 L'expédition Magellan arrive à l'île de Limasawa, où la flotte séjourne une semaine.
31/03 Ferdinand Magellan et cinquante de ses hommes débarquent dans l'actuelle Limasawa pour participer à la première messe catholique aux Philippines.
Avril
04/04 L'expédition Magellan quitte l'île de Limasawa.
07/04 Ferdinand Magellan arrive à Cebu.
27/04 Le navigateur ibère Ferdinand de Magellan et 6 hommes de sa flotte sont tués dans une embuscade sur l'île de Mactan.
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Duane Barbosa est nommé capitaine-général de la flotte, et Juan Serrano, son second.
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Juan Sebastián Elcano reprend le commandement de la flotte, à bord du Victoria.
Mai
01/05 Massacre de Cebu, 26 morts et disparus.
02/05 L'équipage de Magellan, insuffisant pour man½uvrer 3 vaisseaux, brûle la Concepción entre les îles de Bohol et de Panglao. Les 113 survivants sont répartis sur les deux autres nefs.
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Joâo Lopes Carvalho est élu capitaine-général et capitaine de la Trinidad, Gonzalo Cornez de Espinosa capitaine de la Vitloria.
06/05 Le navire rebelle de la flotte de Magellan, le San Antonio, piloté par Gomes, parvient au port de Las Muelas à Séville avec 55 hommes à son bord.
21/05 Arrivée de la Vicloria et de la Trinidad sur la côte de Palawan, le capitaine portugais Antonio de Brito rapporte qu'ils y avaient passé un mois. La relâche a eu lieu dans le port de Tagusao, où les équipages ont chargé environ 10 tonnes de riz.
Juillet
08/07 Les deux navires de la flotte Magellan arrivent dans la rade de Brunei.
15/07 Une délégation de 7 hommes de la flotte Magellan rend visite au roi de Brunei.
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Juan Griego et Matteo Griego désertent.
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Domingo de Barrutia, Gonzalo Hemândez et Juanillo (le fils métis de Joâo Lopes Carvalho) sont retenus prisonniers à Brunei.
29/07 La Victoria et la Trinidad lèvent l'ancre précipitamment de Brunei suite à une menace d'attaque générale.et se dirigent vers les îles aux Épices.
Août
15/08 Prise et démantèlement d'une jonque portant 30K noix de coco à la pointe nord de Bornéo. Arrivée dans la baie de «Santa Maria de Agosto», où le navire est mis en carène.
Septembre
16/09 Joâo Lopes Carvalho est démis de ses fonctions de capitaine- général. Il est remplacé par Gonzalo Cornez de Espinosa, qui commande désormais la Trinidad, secondé par Juan Sebastian Elcano, devenu capitaine de la Victoria, et Giovanni Battista, toujours maître de la Trinidad.
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Pedro de Muguerteguy meurt.
21/09 Elcano est nommé trésorier de la flotte.
26/09 Départ de la baie de «Santa Maria de Agosto».
27/09 Capture d'une jonque et du gouverneur de Palawan, près de l'île de Balabac.
Octobre
02/10 Les prisonniers sont libérés en échange de vivres.
15/10 Assaut d'une jonque sur la côte de Mindanao. Les marins tuent 20 mores et se saisissent de 30 autres, qui seront gardés jusqu'aux Moluques. Un pilote more les conduit à Sarangani.
26/10 Expédition Magellan : Les navires doublent le cap sud de Mindanao.
Novembre
02/11 Pedro Sanchez meurt des suites de ses blessures après l'explosion de son escopette.
04/11 La flotte de Magellan se saisit de deux pilotes à Sarangani, lesquels s'enfuiront à Sangir. Sur cette île, un pilote accepte cependant de les guider jusqu'aux Moluques.
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Juan Battista meurt des suites de ses blessures provoquées par l'explosion d'un baril de poudre.
08/11 Les 2 navires de Magellan arrivent à l'île de Tidore aux Moluques avec 103 Européens et leurs prisonniers. Ils sont bien accueillis par le sultan de Tidore : les Espagnols chargent leurs cales de girofle et de muscade.
14/11 Les Espagnols remettent les femmes captives et les autres détenus au roi de Tidore.
Décembre
21/12 La Victoria, 60 hommes (dont 13 Moluquois), avec comme capitaine Elcano, quitte l'île de Tidore avec un chargement composé essentiellement de girofle. La Trinidad, à cause d'une avarie, reste amarrée sur l'île pour être réparée.