Moreau s’est retranché dans une région boisée et marécageuse située entre l’Inn et l’Isar, à trente kilomètres de Munich, près du village de Hohenlinden. Moreau surprend les Autrichiens dans leur marche et dispose ses troupes en deux corps opérationnels : l’un autour de Hohenlinden retient l’ennemi tandis que l’autre l’attaque sur le flanc gauche. La victoire de Moreau est totale : dix mille prisonniers, la route de Salzbourg ouverte, Vienne bientôt menacée. Une course de vitesse pour parvenir à la capitale s’engage entre l’armée de Moreau et celle de Brune en Italie. La victoire de Hohenlinden contrebalance celle de Marengo. Bonaparte s’inquiète de plus en plus d’une possible prétention au pouvoir de la part de Moreau.